2000
S'aproven les obres de remodelació d'accessos i de reestructuració de les plantes superiors, que s'estaran executant fins a mitjan 2003

2001
Es presenta la primera pàgina web de l'Ateneu

2004
Guanya el premi Crexells Joan-Lluís Lluís, recuperant la dotació econòmica, que aquest any és de 6.000 euros.

2005
Mercès a un conveni amb el zoològic de Barcelona, tornen les tortuges al jardí de l'Ateneu (hi havien estat fins a 1991).

2006
El 18 de gener s'inaugura l'Any Ateneu, per conmemorar el centenari de la instal·lació de l'entitat al carrer de la Canuda. S'inicien obres de restauració i modernització de la Biblioteca de l'Ateneu Barcelonès. Es publica el llibre L'Ateneu i Barcelona, un segle i mig d'acció cultural.

2007
L'Ajuntament de Barcelona concedeix a l'Ateneu la Medalla d'Or al Mèrit Cultural. S'inauguren les obres de restauració i reforma de la biblioteca, la intervenció patrimonial més important realitzada a l'Ateneu des dels anys seixanta. Entra en funcionament un nou portal web.